1999年3月原宁夏大学开始筹建宁夏大学生物工程系，2000年1月正式成立生物工程系，同时建立宁夏大学生物技术重点实验室。建系当年生物技术专业本科开始招生，同年6月获批我区首个生物化学与分子生物学专业硕士点。2002年3月，获批成立宁夏农业生物技术重点实验室(动物与微生物)。